濕地污染是濕地退化重要標(biāo)志，也是中國(guó)濕地面臨的*嚴(yán)重威脅之一。工業(yè)廢水和生活污水排放，以及農(nóng)業(yè)面源污染使許多河湖(如巢湖、滇池、太湖等)濕地及沿海水域水質(zhì)惡化，加速某些濕地水體富營(yíng)養(yǎng)化和寄生蟲的流行，生物多樣性受到嚴(yán)重危害。

　　我國(guó)的主要湖泊中有52%以上受到不同程度污染，主要污染物是CODMn、酚、氨氮等。同時(shí)湖泊普遍受到氮、磷等營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的污染，富營(yíng)養(yǎng)化程度嚴(yán)重，75%的天然和人工湖泊出現(xiàn)富營(yíng)養(yǎng)化;其中10%的湖泊達(dá)到嚴(yán)重的富營(yíng)養(yǎng)化程度。

　　我國(guó)江河水質(zhì)污染主要為耗氧有機(jī)物。1999 年國(guó)內(nèi)工業(yè)和城市生活廢水排放總量401億噸。據(jù)對(duì)遼河、海河、黃河、淮河、長(zhǎng)江、珠江、松花江等水系監(jiān)測(cè)，有63.1%的河段水體遭到污染。長(zhǎng)江接納污水量*大，平均每日接納廢污水量達(dá)3569萬噸。2005年，長(zhǎng)江、黃河、珠江、松花江、淮河、海河和遼河等七大水系的411個(gè)地表水監(jiān)測(cè)斷面中，Ⅰ～Ⅲ類、Ⅳ～Ⅴ類和劣Ⅴ類水質(zhì)的斷面比例分別為41%、32%和27%。其中，珠江、長(zhǎng)江水質(zhì)較好，遼河、淮河、黃河、松花江水質(zhì)較差，海河污染嚴(yán)重。主要污染指標(biāo)為氨氮、五日生化需氧量、高錳酸鹽指數(shù)和石油類。低于Ⅳ類水質(zhì)的水，由于水中有害物質(zhì)含量已高出有關(guān)規(guī)定的指標(biāo)，影響人體健康，不能作為飲用水，也不能作為漁業(yè)用水。

　　海岸帶濕地水質(zhì)和底質(zhì)污染主要是由陸源污染物引起的。沿海10 個(gè)省(自治區(qū)、直轄市)每年排入海中污染物總量657萬噸。其中以有機(jī)污染物為主，占93.51%，其次是石油類、重金屬、有機(jī)氯農(nóng)藥等。海岸帶污染引起赤潮發(fā)生頻繁、生物資源質(zhì)量下降、局部灘涂成了死灘。